Proces obróbki laserowej, choć niezwykle precyzyjny i wydajny, wiąże się z emisją szerokiej gamy szkodliwych substancji, których wpływ na zdrowie oraz kondycję maszyn jest często bagatelizowany. Podczas cięcia laserem CO2 akrylu powstają toksyczne lotne związki organiczne (LZO), natomiast obróbka sklejki generuje gęsty dym bogaty w rakotwórcze żywice i drobny pył drzewny. Z kolei laser światłowodowy (fiber) podczas pracy z metalami uwalnia ultradrobne cząstki metaliczne, które przenikają głęboko do pęcherzyków płucnych.